Церковь, невзирая на тяжелое положение перед началом войны из-за антирелигиозной политики, с самого начала заняла патриотическую позицию, объявив о собственной поддержке всенародной борьбы против немецко-фашистских захватчиков.
Местоблюститель Патриаршего престола митрополит Сергий, будущий патриарх Столичный и всея Руси, 22 июня 1941 года призвал верующих встать на защиту Родины. Церковные средства пополнили Фонд обороны, Фонд помощи раненым, Фонд помощи детям и семьям бойцов Красноватой Армии. Сумма добровольных взносов верующих к концу войны составила около 300 млн рублей. Часть собранных средств была применена на создание танковой колонны «Дмитрий Донской» и авиационной эскадрильи имени Александра Невского.
Духовенство поделило с народом все тяготы войны. Митрополит Ленинградский Алексий /Симанский/ — будущий патриарх — перенес в блокадном городке все 900 дней осады. Сейчас уже обширно известен подвиг архиепископа Луки /Войно- Ясенецкого/, который вместе с пастырским служением был фронтовым доктором, управлял объединением военных госпиталей, написал выдающиеся научные труды. Пройдя застенки ГУЛАГа, получив потом Сталинскую премию за вклад в дело фронтовой медицины, он в 1990-е годы был причислен к лику святых.