Приход в храме Морской миссии находится под юрисдикцией Российской православной церкви /РПЦ, Столичного патриархата/. Построенный на средства русской императорской семьи в 1883 году собор Александра Невского относится к Российской Православной Церкви Заграницей /РПЦЗ/.
Опосля подписания Акта о каноническом общении в 2007 году вышло объединение РПЦЗ и Столичного патриархата. «Все прежние структуры сохранились, но вошли в состав большой Российской православной церкви», — объяснил корр. ИТАР- ТАСС настоятель православного прихода в храме Морской миссии, отец Сергий.
Не считая православных россиян, в пасхальных торжествах в этих приходах приняли роль украинцы, белорусы, молдаване, болгары, сербы, греки.
В Дании существует и государственная правоверная церковь, которая насчитывает около 40 прихожан и находится под юрисдикцией Константинопольского патриархата.